目前商品性有机肥生产主要有以下几种方法。
1、以畜禽粪便为原料生产商品有机肥
高温快速烘干法。用高温气体对干燥滚筒中搅动、翻滚的湿鸡粪进行烘干造粒。此法的优点：降低了恶臭味，杀死了其中的有害病菌、虫卵，处理效率高，易于工厂化生产。缺点：腐熟度差、杀死了部分有益微生物菌群、处理过程能耗大。
氧化裂解法。用强氧化剂(如硫酸)把鸡粪进行氧化、裂解，使鸡粪中的大分子有机物氧化裂解为活性小分子有机物。该法的优点：产品的肥效高，对土壤的活化能力强。缺点：制作成本高、污染大。
塔式发酵加工法。畜禽粪便接种微生物发酵菌剂，搅拌均匀后经输送设备提升到塔式发酵仓内。在塔内翻动、通氧，快速发酵除臭、脱水通风干燥，用破碎机将大块破碎，再分筛包装。该工艺的主要设备有发酵塔、搅拌机、推动系统、热风炉、输送系统、圆筒筛、粉碎机、电控系统。该产品有机物含量高，有一定数量的有益微生物，有利于提高产品养分的利用率和促进土壤养分的释放。
移动翻抛发酵加工法。该工艺是在温室式发酵车间内，沿轨道连续翻动拌好菌剂的畜禽粪便，使其发酵、脱臭，牲畜禽粪便从发酵车间一端进入，出来时变为发酵好的有机肥，并直接进入干燥设备脱水，成为商品有机肥。该生产工艺充分利用光能、发酵热，设备简单，运转成本低。其主要设备有翻抛机、温室、干燥筒、翻斗车等。
连续池式发酵技术畜禽粪便法。以畜禽粪便为原料，以秸秆、谷糠等有机废弃物为辅料，配以多功能发酵菌种剂，通过连续池式好氧发酵，使之在5～7d内除臭、腐熟、脱水，最终成为高效活性生物有机肥。该法的技术要点：首先要结合畜禽养殖场或处理厂实际情况，因地制宜修建连续发酵池，发酵池必须具有耐腐蚀特性，并适应畜禽粪便处理集中、量大和连续的特点，其次在发酵过程添加有益微生物菌群发酵，有效消除畜禽粪便处理过程中的臭味和异味。
据有关部门统计，1个千头奶牛场日产粪便15t，1个万只蛋鸡场日产粪便2t，1个万头猪场年产粪便3万吨。按一般施肥量计算，这些粪便可使2～4万亩农田土壤得到改善。连续池式发酵技术可使畜禽粪便等有机废弃物快速除臭、腐熟，达到无害化和资源化的目的。用该技术生产的产品符合国家发展高效农业、高科技和环保三大产业政策的发展方向，生产出的产品也是顺应农业产业结构调整和肥料发展方向的新型微生物有机肥。
2、以农作物秸秆为原料生产商品有机肥的方法
微生物堆肥发酵法：将粉碎后的秸秆拌入促进秸秆腐熟的微生物，堆腐发酵制成。此法优点：工艺简单易行，质量稳定。缺点：生产周期长，占地面积大，不易形成规模生产。微生物快速发酵法：用可控温度、湿度的发酵罐或发酵塔，通过控制微生物的群体数量和活度对秸秆进行快速发酵。此法的优点：产品生产效率高，易形成工厂化。缺点：发酵不充分，肥效不稳定。
3、以风化煤为原料生产商品有机肥的方法
酸析氨化法。主要用于生产钙镁含量较高的以风化煤为原料的商品有机肥。生产方法：把干燥、粉碎后的风化煤经酸化、水洗、氨化等过程制成腐殖酸铵。该法的优点：产品质量较好，含氮量高。缺点：耗酸、费水、费工。
直接氨化法。主要用于生产腐殖酸含量较高的以风化煤为原料的商品有机肥。生产方法：把干燥、粉碎后的风化煤经氨化、熟化等过程制成腐殖酸铵。该法的优点：制作成本低。缺点：熟化过程耗时过长。
4、以海藻为原料提炼商品有机肥的方法
为尽可能保留海藻天然的有机成分，同时便于运输和不受时间限制，用特定的方法将海藻提取液制成液体肥料。其生产过程大致为：筛选适宜的海藻品种，通过各种技术手段使细胞壁破碎，内容物释放，浓缩形成海藻精浓缩液。海藻肥中的有机活性因子对刺激植物生长起重要的作用，集营养成分、抗生物质、植物激素于一体。
5、以糠醛为原料生产商品有机肥的方法
该技术的特点是利用微生物来进行高温堆肥发酵处理糠醛废渣，同时还利用微生物发酵后产生的热能来处理糠醛废水。废渣、废水经过生物菌群的降解后，成为优质环保有机肥。在生物堆肥过程中首先要选料配比合理，采用高温降解复合菌群、除臭增香菌群和生物固氮、解磷、解钾菌群分步发酵处理废渣，在高温快速降解糠醛废渣的同时，还能有效控制堆肥现场的臭味，使发酵的有机肥料没有臭味，并使肥料具有生物肥料的特性，品位得到极大的提高。
6、以污泥为原料生产商品有机肥的方法
将含水率为80%的湿污泥，加工为含水率为13%的干污泥。加入有益微生物，经过圆盘造粒、低温烘干和冷却筛分，最后包装入库。此外，还有利用沼气、酒糟、泥炭、蚕沙等为原料生产商品有机肥的相关报道。